シャーマンは，初期能力でネズミたちをゴールへ導くことは可能です．スキルとはあくまで付加的な要素ですが，スキルを習得することで便利なオブジェクトを召喚できるようになったり，空を飛べるようになったりするなど，シャーマンとしての仕事をする上で非常に大きな助けになることが多いです．
スキルを習得するために必要となるのがスキルポイントです．振ることができるポイント数は，自分のレベルから1を引いた数です．つまり，レベル2ならば1ポイント，レベル3ならば2ポイント，そしてレベル100ならば99ポイント振ることができます．
スキルツリーとは，スキルのカテゴリのようなものであり，全部で5種類あります．スキルツリーは6段構成であり，各段は以下のようになっています．
| 段数 | 内容 |
|---|---|
| 6 | 1ptスキル |
| 5 | 5ptスキル／5ptスキル／1ptスキル |
| 4 | 5ptスキル／5ptスキル／1ptスキル |
| 3 | 5ptスキル／5ptスキル／1ptスキル |
| 2 | 5ptスキル／5ptスキル／1ptスキル |
| 1 | 5ptスキル／5ptスキル |
ここで1ptスキルと5ptスキルについて説明します．表にあるようにほとんどのスキルは5ptスキルであり，これは1～5ポイントの範囲で好きなだけポイントを振ることができるスキルです．多く振るほどそのスキルの使用可能回数や効果が増加します．例えば，チーズを大きくするスキルでは，1ポイント振るだけでは10％しか大きくならないのに対し，5ポイント振れば50％大きくなります．対して1ptスキルは1ポイントしか振ることができないスキルです．
最初からツリーの上の方にあるスキルを習得できるわけではありません．上位の段にあるスキルを習得するためには，それより下の段にある決まったポイントを振る必要があります．それを表にまとめます．以下のように，ツリー最上段のスキルを習得するためには最低26ポイント必要であることになります．
| 段数 | 解放条件 |
|---|---|
| 6 | 1～5段目に合わせて25ポイント以上振る |
| 5 | 1～4段目に合わせて20ポイント以上振る |
| 4 | 1～3段目に合わせて15ポイント以上振る |
| 3 | 1～2段目に合わせて10ポイント以上振る |
| 2 | 1段目に5ポイント以上振る |
| 1 | なし |
以下，ツリーごとに個々のスキルを紹介します．
| 6段目 | |
| Cloud | 雲を召喚できます．雲は召喚したときの向きと平行な方向にしか動かないオブジェクトです．同時に1個しか召喚できず，2個目を召喚しようとすると1個目が消えます．また，ディバインモードでは使用できません． |
| 5段目 | |
| Apple | リンゴを1/2/3/4/5個召喚できます．リンゴのそばには召喚サークルが表示され，たとえ遠くからでもリンゴの近くであればオブジェクトを召喚できるようになります． |
| Ancestral spirit | 死んでから4/8/12/16/20秒間，オブジェクトを召喚できます． |
| Spring | 触れるととネズミが上方向に加速するアイテムを召喚できます．ノーマル／ハードモードでは3回，ディバインモードでは1回召喚できます． |
| 4段目 | |
| Anti-gravity | ボールの落下速度が振るポイント数に応じて遅くなります． |
| Teleporter | ネズミをシャーマンの隣に1/2/3/4/5回テレポートさせられます． |
| Speed boost | 触れるとネズミが横方向に加速するアイテムを3回召喚できます． |
| 3段目 | |
| Easy victory | チーズを持っているネズミを1/2/3/4/5匹強制的にゴールさせられます．但し，少なくとも1匹が巣穴にゴールするまでは使用できません． |
| Ambulance | 死んでしまったネズミを1/2/3/4/5匹復活させられます． |
| Chief's food | ネズミに自分のチーズを渡すことができます．ノーマル／ハードモードでは何個でも，ディバインモードでは5個まで渡すことができます．但し，少なくとも1匹が巣穴にゴールするまでは使用できません． |
| 2段目 | |
| Big shaman | シャーマンの大きさが4/8/12/16/20%大きくなります． |
| Superstar | 踊るとそばにいる1/2/3/4/5匹のネズミが釣られて踊り出します． |
| Unburstable | シャーマンとして死んだとき，一度だけ復活できます． |
| 1段目 | |
| Additional time | ラウンドの制限時間が5/10/15/20/25秒長くなります． |
| Big cheese | チーズの大きさが10/20/30/40/50%大きくなります． |
| 6段目 | |
| Angel | ↑キーを押している間，翼を展開して飛行できます． |
| 5段目 | |
| Transformice | 変身する能力を1/2/3/4/5匹のネズミに与えられます． |
| Stern mouse | アイスキューブを1/2/3/4/5回多く使用できます．ポイントを振っていない状態では2回使用できます． |
| Acrobat | 動きながら召喚できます． |
| 4段目 | |
| Tight budget | とても小さい板を召喚できます． |
| Personal teleporter | 指定した場所へ1/2/3/4/5回ワープできます． |
| Projection | ←または→キーを2回連打することでその方向へ向かって短いワープができます．もちろん，薄い壁であれば通り抜けることができます． |
| 3段目 | |
| Chocokiss | 座るとそばにいる1/2/3/4/5匹のネズミがキスをしてくれます． |
| Rocket scientist | しゃがみ続けた時間に応じて上方向へ，ポイント数に応じて高く飛び上がれます． |
| Companion crate | コンパニオンキューブを召喚できます．コンパニオンキューブは通常の箱より重く，また側面には摩擦の無い箱です．同時に1個しか召喚できず，2個目を召喚しようとすると1個目が消えます． |
| 2段目 | |
| Cleats | シャーマンの摩擦が20/40/60/80/100%大きくなります． |
| Diet | シャーマンの体重が10/20/30/40/50%減ります． |
| Opportunist | 最後のネズミがゴールしたときにシャーマンも自動でゴールできます． |
| 1段目 | |
| Endurance | シャーマンの移動速度が10/20/30/40/50%速くなります． |
| Clear mouse | ネズミが死んだとき，大きな泡が1/2/3/4/5個浮かんできます． |
| 6段目 | |
| Eagle eye | 召喚範囲が30%広がります． |
| 5段目 | |
| Demolition worker | 召喚されたオブジェクトを1/2/3/4/5回消せます． |
| Architect | 召喚されたオブジェクトの透明／不透明を1/2/3/4/5回切り替えられます． |
| Sheep | 爆発する羊を2匹召喚できます． |
| 4段目 | |
| Pre-inflated ballon | 最初の1/2/3/4/5個の風船が待ち時間なしで召喚できます． |
| Master summoner | 召喚速度が6/12/18/24/30%速くなります． |
| Anti-spirit | スペースキーを押してからスピリットを使用すると，周りのものを引き寄せるアンチスピリットになります． |
| 3段目 | |
| Aerodynamic ballon | 風船の上昇速度が10/20/30/40/50%速くなります． |
| Stable rune | 角度が固定されたルーンを1/2/3/4/5個召喚できます． |
| Chocoplank | チョコレートの板を召喚できます． |
| 2段目 | |
| Lead cannonball | キャノンが20/40/60/80/100%重くなります． |
| Super anvil | アンビルが20/40/60/80/100%重くなります． |
| Ice plank | 氷の板を召喚できます． |
| 1段目 | |
| Big spirit | スピリットの効果範囲が10/20/30/40/50%広がります． |
| Multiple balls | ボールを同時に2/3/4/5/6個召喚できます． |
| 6段目 | |
| Shameow | 猫に変身できます．ジャンプ力が大きくなります． |
| 5段目 | |
| Leaf | 1/2/3/4/5匹のネズミに葉っぱを使って滑空する能力を与えられます． |
| Evolution | 1/2/3/4/5匹のネズミのジャンプ力を大きくさせられます． |
| Gregrious sprit | ネズミがゴールするか死ぬかするたびに2%ずつ召喚速度が速くなります． |
| 4段目 | |
| Thorns | 板の摩擦がポイント数に応じて大きくなります． |
| Landslide | キャノンが2/3/4/5/6個の小さな岩に分裂します． |
| Renewal | Ambulance等の一部のスキルを除き，その残り使用回数を満タンにできます． |
| 3段目 | |
| Meep! | 爆風を出す能力を1/2/3/4/5匹のネズミに与えられます．ゲージが満タンになったときにスペースキーを押すと爆風を出し，周りにいるネズミを吹き飛ばします． |
| Go through there! | 1/2/3/4/5匹のネズミの大きさを小さくします． |
| Nature's return | 全ての召喚物を消せます．最初からあるダイナミックグラウンドも消えます． |
| 2段目 | |
| Small but brawny | シャーマンの大きさが4/8/12/16/20%小さくなります． |
| Spidermouse | 蜘蛛の巣を1/2/3/4/5回召喚できます． |
| Earth symbol | 三角形のオブジェクトを召喚することができます． |
| 1段目 | |
| Campfire | キャンプファイアーを4/8/12/16/20秒間設置できます．炎をクリックするとマシュマロを焼けます． |
| Reflex | 召喚速度が4/8/12/16/20%速くなる代わりに，召喚範囲が4/8/12/16/20%狭くなります． |
| 6段目 | |
| Controlled disintegration | ネズミが死んだとき，その場にばねのようなものが召喚されます． |
| 5段目 | |
| Booster | 触れるとネズミが加速するアイテムを1/2/3/4/5回召喚できます． |
| Handymouse | 鎖でネズミ同士，オブジェクト同士，ネズミとオブジェクトを1/2/3/4/5回つなげます． |
| Big plank | とても大きな板を召喚できます． |
| 4段目 | |
| Gravitational anomaly | 全てを2/4/6/8/10秒間無重力状態にできます． |
| Grapnel | 好きな場所に2/4/6/8/10回吊り下がれます． |
| S | S型のオブジェクトを召喚できます． |
| 3段目 | |
| Stop! | そばにいるネズミを2/4/6/8/10秒間動けなくできます． |
| Restorative | オブジェクトの回転を1/2/3/4/5回固定できます． |
| Mad scientist | キャノンを上方向に飛ばせます． |
| 2段目 | |
| Antigravity | 1つのオブジェクトを2/4/6/8/10回無重力状態にできます． |
| Rollout | 1/2/3/4/5匹のネズミに転がる能力を与えられます． |
| Solitary | 他のネズミと紐でつながれる，いわゆるパートナーマップで相方がいなくなります． |
| 1段目 | |
| Anger | 怒るとそばにいる1/2/3/4/5匹のネズミが泣き出します． |
| Recycling | ネイルを1/2/3/4/5回消せます． |
